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Dans le cadre de ses travaux dans le domaine de la surveillance environnementale des milieux aquatiques, l'Ineris est fortement impliqué dans l'étude des troubles de la reproduction chez le poisson. Bien connu pour ses recherches sur les perturbateurs endocriniens, l'Institut s'est également intéressé à un autre type d'effet des substances chimiques, susceptible d'avoir un impact sur la reproduction et in fine sur la survie des espèces : les effets sur le patrimoine génétique.
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