En France, l’une des principales sources de dégradation des eaux de surface (cours d’eau, plans d’eau) et des eaux souterraines (nappes) est la pollution chimique. Les rejets des stations d’épuration urbaines ou industrielles, les pollutions diffuses d’origine agricole ou dues à des retombées atmosphériques engendrent la présence de macropolluants comme les nitrates et les phosphates ainsi que de micropolluants comme les pesticides, les résidus de médicaments, de produits d’entretien, etc. Ces polluants modifient l’équilibre biologique des milieux aquatiques par eutrophisation ou affectent la vie aquatique et la santé humaine du fait de leurs propriétés écotoxiques. L’état des eaux de surface s’apprécie sur deux aspects, leur état écologique et leur état chimique, et celui des eaux souterraines à partir de leurs états chimique et quantitatif.